Η χλωρίδα και πανίδα της Νισύρου παρουσιάζει πολύ μεγάλο ενδιαφέρον τόσο λόγω της  ηφαιστειακής φύσης της όσο και της γεωγραφικής της θέσης πάνω στις οδούς μετανάστευσης ασιατικών ειδών προς τη Νότια Ευρώπη, και αντίστροφα. Η καταγεγραμμένη παρουσία 450 ειδών χλωρίδας, 85 ειδών ορνιθοπανίδας, 7 ειδών ερπετών, καθώς και η παρουσία της φώκιας Monachus-monachus στις ακτές, αναδεικνύουν τη Νίσυρο σε ένα τόπο άξιο ιδιαίτερης προστασίας και μελέτης.

Η πυκνή θαμνώδης βλάστηση αποτελούμενη από τις αστιβές (Sacropoterium spinosum), τη σμυρτιά (Lavandula stoechaw), το σκίτσο (Cistus creticus & Cistus salvifolius), το θυμάρι (Thimus capitatus), τη θρύμπη (Satureja thymbra), τους γλάστρους (Daphne gnidioides), και τους ασπαλάθους (Calicotome villosa), η καμπανούλα η Νισυριά (Campanula nisyria) μοναδικό είδος ενδημικού φυτού, το μεγάλο πλήθος των δέντρων, βελανιδιές, ελιές, συκιές, αμυγδαλιές, αγραμυθιές, λεμονιές, καταδεικνύουν τη Νίσυρο ως το μοναδικό «πράσινο» ενεργό ηφαίστειο του Αιγαίου.

Αντίστοιχου εύρους και ποικιλότητας με τη χλωρίδα είναι και η πανίδα που φιλοξενείται στο νησί, γεράκια που αιωρούνται συνεχώς στο στερέωμα, κουρκουταύλοι, τεράστιες μαύρες σαύρες που κρύβονται κάτω από πετρώματα, ενώ υπάρχουν πολλά ζώα ελεύθερης βοσκής όπως κατσίκια, γουρούνια και αγελάδες.